На 11 април 1970 г. САЩ изстрелва трета мисия с астронавти, които трябва да кацнат на Луната. На борда на Аполо 13 са Джим Ловел, Джак Суигърт и Фред Хайз. На 13 април, точно преди 54 години, избухва кислороден резервоар на кораба и се ражда репликата „Хюстън, имаме проблем“. Тогава астронавтите се намират на 320 000 километра от Земята.
В 14 ч. 07 м. 37 с. UTC на 13 април Джон Суайгърт включва шалтера за хомогенизиране на криогенните резервоари. Шестнадесет секунди по-късно, или 55 ч. 54 м. 53 с. след старта на мисията, кислороден резервоар номер 2 експлодира.
Когато астронавтите докладват за инцидента на центъра за управление, Джак Суигърт произнася станалата по-късно знаменита фраза: „Хюстън, имаме проблем“. Всъщност Джак Суигърт първо казва: Okay, Houston, we’ve had a problem here, след което от контрол на мисията ги карат да повторят и тогава Джим Ловел съобщава: Uh, Houston, we’ve had a problem. През 1995 г. Том Ханкс влиза ролята на Джим Ловел във филма „Аполо 13“ и превръща репликата: Houston, we have a problem – в нарицателно при възникване на проблем.
Уредите на кораба отчитат, че не работят две от трите горивни камери, произвеждащи електроенергия за кораба, кислороден резервоар номер две е празен, а в резервоар номер 1 налягането бързо спада. Резервоар номер 2 се намира в 4-ти отсек на сервизния модул и астронавтите не могат да видят през люковете на кораба какви са пораженията. Това, което обаче вижда Ловел, е отчайващо – около кораба се образува облак от изтичащ замръзнал газ – остатъка от 150 килограмовия охладен под критичната температура при налягане от 65 атмосфери кислород на резервоар номер 1.
Първоначалният вариант за удар с метеорно тяло не се потвърждава, защото налягането в кораба се запазва и не е установено изтичане на въздух от обитаемите части. Появяват се обаче аномалии в курса и вибрации по корпуса на кораба. Впоследствие се оказва, че се дължат на изтичащия в откритото пространство кислород от резервоар номер 1.
Последователно излизат от строя електрозахранването, кислородните запаси и горивните камери на сервизния модул. Налягането в първи резервоар бързо спада и с това шансовете за работата на животоподдържащите системи в командния модул се клонят към нула. Налага се, с цел пестене на електроенергия, необходима за операциите при приземяване, да се изключат всички бордови системи, включително и главния компютър на командния модул. След около два часа и половина, или 57 ч. 37 м. 00 с. след старта, тричленният екипаж напуска „Одисея“ и заема места в двуместния „Водолей“.
Поради невъзможността за продължаване на мисията по предварително запланувания план, екипът в контролния център на полета взима решение за прекратяването й и завръщане на Земята. Използването на основния двигател на сервизния модул е много рисковано, поради критичното състояние на „Одисея“ и изчерпването на оставащата в акумулаторите енергия и се налага всичките маневри да се извършат с двигателите на лунния модул.
Работата на пречистващата система на въздуха във „Водолей“ е разчетена за периода от време, в който двама от астронавтите ще прекарат на лунната повърхност. При настъпилата ситуация филтрите от литиев хидроксид много по-бързо се насищат от присъствието на трима души в малката кабина. Нивото на въглероден диоксид бързо се покачва и стига критични стойности. На разположение има само един резервен филтър, който би пречиствал въздуха от въглеродния диоксид до към 85-ия час на полета. Годните филтри от „Одисея“ не могат да се използват, поради разлика във формите на гнездата в командния и лунния модул. Екип от инженери на НАСА разработва подръчно направено приспособление от найлонов плик, картон, взет от вече непотребния наръчник от процедури при излитане от Луната, маркучи и изолирбанд. Проектът е издиктуван на астронавтите по радиото и те се захващат с изпълнението му. След един час работа пакетът с два квадратни филтъра е прикрепен към системата на кръглите филтри за пречистване на въздуха и проблемът е отстранен. Нивото на въглероден диоксид в кабината започва бързо да спада и достига границите на нормата.
Пет часа и петнадесет минути преди планираното приводняване или 137 ч. 39 м. 52 с. след старта маневрата е осъществена на по-малко от 60 000 km от Земята. Петнадесет минути по-късно Суайгърт се прехвърля в „Одисея“, а Ловел и Хейз са на своите места във „Водолей“. В 138 ч. 01 м. 48 с. е даден лек тласък с двигателите на лунния модул и сервизният модул бива откачен. През илюминаторите на кораба астронавтите наблюдават и заснемат преминаването на чудовищно обезобразения от експлозията SM 109. На мястото на панел номер четири зее огромна яма с остатъци от изолации, кабели и разкъсани ламарини. Кислороден резервоар 2 въобще липсва, изтръгната е цялата плоскост от основата до двигателя. Засегнато е и главното сопло, липсват два от четирите маневрени двигателя.
През следващите няколко часа е възстановено електрическото захранване на командния модул. Всички системи функционират в норма и корабът е готов за следващите планирани операции. На разстояние 25 000 km от Земята и по-малко от два часа преди планираното навлизане в плътните слоеве на атмосферата астронавтите се разделят с „Водолей“. На 141-ия час и 30-тата минута от старта астронавтите заемат места в спускаемата капсула и Суайгърт отделя „Водолей“ от „Одисея“. Следва маневра по равняване на кораба по Луната и навлизане в земната атмосфера. В 18 ч. 07 м. 41 с. UTC на 17 април или 142 ч. 54 м. 41 с. от началото на мисията Аполо 13 се приводнява в южния Пасифик.
